隨著新冠肺炎（COVID-19）的進(jìn)一步蔓延，全球超過(guò)650萬(wàn)人感染了新型冠狀病毒（SARS-CoV-2），其中美國(guó)疫情最為嚴(yán)重，確診病例數(shù)超過(guò)190萬(wàn)例，而作為美國(guó)疫情震中的紐約州，確診病例數(shù)也已超過(guò)37萬(wàn)例。

4月初，《紐約時(shí)報(bào)》在一篇報(bào)道中提到，美國(guó)兩所高校正在進(jìn)行的研究表明紐約州的新冠疫情主要起源于歐洲。如今，其中一所高校的研究報(bào)告已經(jīng)出爐，為揭示SARS-CoV-2早期的全球傳播動(dòng)態(tài)提供了進(jìn)一步支持。

西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院的一支研究團(tuán)隊(duì)在對(duì)西奈山醫(yī)院早期收治的84名COVID-19患者進(jìn)行病毒測(cè)序后發(fā)現(xiàn)，這些病毒毒株主要是從歐洲和美國(guó)其他地方引入，并且早在3月初病毒已經(jīng)進(jìn)入了社區(qū)傳播階段。相關(guān)報(bào)告近日發(fā)表在《Science》上。

DOI：10.1126 /science.abc1917

2月29日，紐約州發(fā)現(xiàn)了首例COVID-19病例。截至3月18日，共有84名COVID-19患者前往西奈山醫(yī)院就診，其中44人為女性患者，40人為男性患者，他們來(lái)自紐約市四個(gè)大區(qū)和紐約州的三個(gè)縣。

研究人員從這些患者的鼻咽拭子中獲取了90個(gè)病毒分離株并對(duì)其進(jìn)行了測(cè)序，得到了72個(gè)完整的和18個(gè)部分的基因組。

為了追溯紐約州疫情的早期發(fā)展，研究人員從全球流感數(shù)據(jù)共享平臺(tái)（GISAID）下載了截至4月1日世界各地上傳的2,363個(gè)SARS-CoV-2病毒序列，將其連同從84名患者身上獲取的病毒序列進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育分析。

系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)顯示，紐約的84個(gè)病毒分離株可分為A1a、A2a、B、B1、B4這5個(gè)亞型，其中64個(gè)病毒分離株聚集在A2a類，該類主要由來(lái)自歐洲COVID-19患者的分離株組成，說(shuō)明紐約州早期的COVID-19病例大多為歐洲引入。

紐約州和全球其他地區(qū)SARS-CoV-2分離株的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系

隨后，研究人員分析了與紐約市相關(guān)的病毒傳播事件的時(shí)間，發(fā)現(xiàn)A2a進(jìn)化樹(shù)底部的最早序列包括自2月下旬開(kāi)始來(lái)自意大利、芬蘭、西班牙、法國(guó)、英國(guó)和其他歐洲國(guó)家的病毒分離株，以及從3月第一周開(kāi)始的一些北美分離株。在這個(gè)分類中存在著兩個(gè)突變，將紐約和其他地區(qū)的分離株區(qū)分開(kāi)來(lái)，這說(shuō)明可能在2月初到2月中旬當(dāng)?shù)刂辽僖肓藘蓚€(gè)獨(dú)立的病毒株。

總之，這項(xiàng)研究表明，紐約州當(dāng)?shù)氐男鹿谝咔橹饕獊?lái)自美國(guó)和歐洲之間的無(wú)追蹤傳播，僅有有限證據(jù)顯示該病原是從中國(guó)直接引入的，不僅為全球范圍內(nèi)SARS-CoV-2的多樣性提供了快照，也為地方一級(jí)流行病動(dòng)態(tài)提供了參考。

參考資料：

[1] Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in the New York City area.

[2] Study shows NYC COVID-19 outbreak had European and U.S. origins.