免疫微環(huán)境會影響腫瘤的進化，其既能預測患者的預后還能預測患者對免疫療法的反應；然而，對腫瘤浸潤性淋巴細胞（TILs）的測定往往會因缺乏合適的數(shù)據(jù)而受限，DNA的全外顯子組測序（WES）經(jīng)常被用來計算腫瘤的突變負擔和識別可操作的突變。近日，一篇發(fā)表在國際雜志Nature上題為“Using DNA sequencing data to quantify T cell fraction and therapy response”的研究報告中，來自倫敦大學等機構的科學家們通過研究開發(fā)了一種新型工具，其或能快速估計癌變腫瘤中免疫T細胞的數(shù)量，由于T細胞的豐度能幫助預測患者對免疫療法所產(chǎn)生的反應，因此研究人員希望這能幫助開發(fā)更具靶向性和有效的癌癥療法。

作為英國癌癥研究中心資助的TRACERx研究計劃的一部分，本文中，科學家們分析了來自患者癌變腫瘤的DNA測序數(shù)據(jù)，旨在觀察是否能量化樣本中的T細胞比例。研究者Nicholas McGranahan教授說道，DNA測序經(jīng)常在癌癥患者機體的腫瘤中進行，以便對患者進行分層并了解其機體的癌癥是如何進展的。估算機體中的免疫細胞豐度對于控制癌癥非常重要，其會影響患者的生存和指導性療法的進行，此前研究人員無法僅從DNA測序數(shù)據(jù)中進行相關推算。

這篇研究報告中，研究人員旨在探索是否能開發(fā)一種新方法來直接通過DNA測序闡明免疫細胞，而不需要更多的數(shù)據(jù)；DNA測序能幫助科學家分析個體機體腫瘤發(fā)生的進化史；研究人員利用這種新型工具回顧并計算了T細胞“VDJ重組”的水平，這是T細胞中的一種過程，在該過程中，其能被重組或改變且被賦予工具，從而使其能識別并攻擊入侵者。

具體而言，研究人員發(fā)現(xiàn)了一種信號，這就揭示了T細胞受體切除環(huán)（TRECs）的缺失，而這是T細胞成熟所需要的，其通常在VDJ重組過程中會發(fā)生；通過給予這種缺失打分，研究人員就能準確估計出腫瘤中存在的T細胞的數(shù)量；這個分數(shù)還能被用來預測患者對免疫療法所產(chǎn)生的反應以及免疫逃逸機制。此外，這種新型評分工具還能應用于從正常血液樣本中獲得的DNA測序數(shù)據(jù)，這些血樣通常會被收集起來，但截至到現(xiàn)在研究人員還無法對其免疫內容進行系統(tǒng)性地分析。

TCRA T細胞分數(shù)與預后的關系

圖片來源：Bentham, R., et al. Nature (2021). doi：10.1038/s41586-021-03894-5

近些年來，一種稱之為檢查點抑制劑（CPIs）的免疫療法已經(jīng)成為治療多種類型癌癥的革命性治療手段，其能通過阻斷T細胞所產(chǎn)生的名為檢查點蛋白來發(fā)揮作用，這些檢查點有助于保持機體免疫反應不至于太強，有時能幫助維持T細胞對癌細胞的殺滅能力，當這些檢查點被阻斷后，T細胞就能更好地殺滅癌細胞。預測免疫療法可能成功的一種生物標志物就是T細胞的數(shù)量，可供CPIs適應的T細胞越多，那么患者機體可摧毀的癌細胞就越多。

研究者Robert Bentham表示，直接從DNA測序中量化T細胞的浸潤或能預測患者對療法的反應，同時還不需要額外的數(shù)據(jù)；事實上，研究者所開發(fā)的方法可以在不增加時間和成本的情況下完成，這或許超出了標準DNA測序的手段。

注：原文有刪減

原始出處：

Bentham, R., Litchfield, K., Watkins, T.B.K. et al. Using DNA sequencing data to quantify T cell fraction and therapy response. Nature (2021). doi：10.1038/s41586-021-03894-5